微生物基因组测序_苏州泓迅生物科技股份有限公司

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微生物基因组测序

微生物基因组测序利用高通量测序技术，全面解析微生物的基因组序列。它能够识别基因结构、功能和变异，揭示微生物的代谢途径、抗药性及进化关系。此技术广泛应用于疾病诊断、环境监测、工业微生物改造和生物制药等领域，为微生物研究提供关键数据支持。

泓迅生物可提供16S/18S/ITS扩增子测序、宏基因组测序、细菌基因组&真菌基因组de novo测序、微生物重测序等服务。

服务优势

个性化解决方案
一对一完善的售前售后服务
严格质控，快速交付

服务详情

• 16S/18S/ITS扩增子测序查看详细

分析内容
1. 数据质控与统计 2. OTU 分类分析 2.1 OTU 聚类分析 2.2 分类学分析 3. 群落组成分析 (Community) 3.1 物种组成饼图 3.2 多级物种组成图 3.3 多样本物种组成柱状图 3.4 多样本物种组成聚类热图 3.5 属水平物种进化树 4. Alpha 多样性分析（AlphaDiversity） 4.1 多样性指数统计 4.2 多样性指数差异分析 4.3 稀释性曲线（Rarefaction curve） 4.4 等级聚类曲线（Rank-Aundance）曲线	5. Beta 多样性分析（BetaDiversity） 5.1 基于OTU 的Venn 图 5.2 PCA 分析 5.3 PCoA 分析 5.4 UPGMA聚类树图 5.5 NMDS 分析 5.6 组间群落结构差异显著性检验 5.6.1 ADONIS 分析 5.6.2 Anosim分析 5.6.3 MRPP分析 5.6.4 Amova分析 6. 差异分析 6.1 Metastats 分析 6.2 Lefse 分析 7. 功能分析 8. 关联分析

• 宏基因组测序 查看详细

分析内容
1. 数据预处理 2. 基因组组装 3. 基因预测及丰度分析 3.1 基因预测及丰度统计 3.2 基因表达量统计 3.3 预测结果基本信息统计 3.4 Core-pan基因分析 4. 样品间相关性分析 5. 基因数目差异分析 6. 物种注释（NR_mate数据库） 6.1 物种注释汇总表	6.2 Krona分析 6.3 物种丰度统计 6.4 样品柱状图分析 6.5 样品热图分析 6.6 物种主成分分析 6.7 样品聚类分析 6.8 主坐标分析（PCoA） 6.9 组间差异物种的Metastats分析 6.10 组间差异物种的lefse分析 7. 功能注释（GO、KEGG、COG、CAZy、CARD、PHI数据库）

• 细菌基因组de novo测序 查看详细

细菌基因组从头测序（Bacterial Whole Genome de novo Sequencing ）是对基因组序列未知或无近缘物种基因组信息的某个物种，构建不同插入片段的基因组DNA文库并对文库进行序列测定，然后利用生物信息学方法进行拼接、组装和注释，从而获得该细菌的全基因组序列图谱，我们提供细菌框架图和完成图两种不同的解决方案。

分析内容
细菌框架图
1. 数据质控与统计 2. 基因组组装 3. 基因组组分分析 3.1 编码基因预测 3.2 重复序列 3.3 tRNA/rRNA查找 4. 基因功能分析 4.1 GO数据库注释 4.2 KEGG数据库注释 4.3 TCDB数据库注释 4.4 Swiss-Prot数据库注释 4.5 TrEMBL数据库注释 4.6 病原与宿主互作数据库（PHI）注释	4.7 细菌病原体的毒力因子（VFDB）注释 4.8 耐药基因（CARD）注释 4.9 碳水化合物活性酶（CAZy）数据库注释 4.10 分泌蛋白预测 4.11 分泌系统蛋白及T3SS效应蛋白预测 5. 基因组比较分析 5.1 SNP统计与注释 5.2 Indel统计与注释 5.3 全基因组共线性分析 5.4 共有和特有基因分析 5.5 基因家族分析 5.6 物种进化分析
细菌完成图
1. 数据质控与统计 2. 组装 3. 基因组结构注释 3.1 基本基因元件预测（tRNA，rRNA） 3.2 其余RNA预测 3.3 串联重复序列（TRF）预测 3.4 简单串联重复序列（SSR）预测 3.5 CRISPR预测 3.6 基因岛预测 3.7 前噬菌体预测 4. 基本功能数据库注释（NR、COG/KOG、GO、SwissProt、KEGG） 5. 特定功能注释（CARD，CAZy，PHI，VFDB，TCDB，RMS，分泌蛋白注释，III型分泌系统效应蛋白注释和跨膜结构注释）	5.1 耐药基因（CARD）数据库注释 5.2 碳水化合物相关酶（CAZy）数据库注释 5.3 病原与宿主互作（PHI）数据库注释 5.4 致病菌毒力因子（VFDB）数据库注释 5.5 膜转运蛋白分类（TCDB）数据库注释 5.6 限制性修饰系统分析 5.7 分泌蛋白注释 5.8 III型分泌系统效应蛋白注释 5.9 蛋白跨膜结构注释 6. 碱基修饰位点检测 7. 细菌基因组圈图

备注：该产品也可以做比较基因组分析

• 真菌基因组de novo测序 查看详细

服务名称	技术路线	分析内容
真菌初级组装	• DNA提取与检测 • 文库构建及检测 • 上机测序 • 生信分析	1. 数据质控与统计 2. 组装 3. 基因组组分分析 4. 基因功能分析
真菌高级组装	• DNA大片段提取与检测 • 二代和三代文库构建 • 上机测序 • 生信分析	1. 数据质控与统计 2. 组装 3. 基因组组分分析 4. 基因功能分析

• 微生物重测序 查看详细

分析内容
1. 数据质控与统计 2. 基因组组装 3. 基因组组分分析 3.1 编码基因预测 3.2 重复序列 3.3 tRNA/rRNA查找 3.4 前噬菌体	4. 比较分析 4.1 SNP统计与注释 4.2 Indel统计与注释 4.3 物种进化分析 4.4 共有和特有基因分析 4.5 基因家族分析 4.6 全基因组共线性分析